Phantom Fruits använder ett unikt eteriskt matchningssystem där spökfrukter fasas genom standard rutnätsmekanik. Varje frukt bär ett spektralt laddningsvärde från 1 till 5, som avgör kaskadmultiplikatorer när de matchas i kedjor om 4 eller fler. Spelet spårar 12 distinkta fantomfrukttyper genom sitt progressionssystem, var och en låses upp vid specifika nivåtrösklar.
Huvudmotorn körs på ett 7x9-rutnät med tyngdkraftsutmanande fysik som tillåter vertikala och horisontella matcher samtidigt. Power-ups genereras genom kombokedjor: 5-match skapar Spektral Explosion som rensar 3x3-radie, 7-match skapar Spökvortex som tar bort alla frukter av en typ, och L-formade matcher utlöser Fantomvåg som kaskaderar över diagonala linjer. Varje drag beräknar potentiella kedjereaktioner med prediktiva algoritmer som visar upp till 3 drag framåt.
Nivåmål roterar mellan poängtröskel, fruktsamlingskvoter, hinderborttagningsutmaningar och tidsinställda överlevnadslägen. Svårighetskurvan justeras dynamiskt baserat på spelarprestanda under de senaste 10 nivåerna, vilket bibehåller engagemang utan frustration. Avancerade spelare får tillgång till Mardrömsläge vid nivå 150, som introducerar skuggfrukter som vänder matchmekanik och kräver strategisk tomrumsplanering.