Phantom Fruits opera su un sistema di abbinamento etereo unico in cui i frutti fantasma si muovono attraverso le meccaniche standard della griglia. Ogni frutto porta un valore di carica spettrale da 1 a 5, determinando i moltiplicatori di cascata quando abbinati in catene di 4 o più. Il gioco traccia 12 tipi distinti di frutta fantasma attraverso il suo sistema di progressione, ciascuno sbloccabile a specifiche soglie di livello.
Il motore principale funziona su una griglia 7x9 con fisica antigravitazionale che consente abbinamenti verticali e orizzontali simultanei. I potenziamenti si generano attraverso catene combo: 5 abbinamenti creano Esplosione Spettrale che pulisce un raggio 3x3, 7 abbinamenti generano Vortice Fantasma rimuovendo tutti i frutti di un tipo, e gli abbinamenti a forma di L attivano Onda Fantasma che si propaga lungo linee diagonali. Ogni mossa calcola potenziali reazioni a catena utilizzando algoritmi predittivi che mostrano fino a 3 mosse in anticipo.
Gli obiettivi di livello ruotano tra soglie di punteggio, quote di raccolta frutta, sfide di rimozione ostacoli e modalità di sopravvivenza a tempo. La curva di difficoltà si adatta dinamicamente in base alle prestazioni del giocatore negli ultimi 10 livelli, mantenendo il coinvolgimento senza frustrazione. I giocatori avanzati accedono alla Modalità Incubo al livello 150, introducendo frutti ombra che invertono le meccaniche di abbinamento e richiedono pianificazione strategica del vuoto.