Phantom Fruits fonctionne sur un système d'association éthéré unique où les fruits fantômes traversent les mécaniques de grille standard. Chaque fruit possède une valeur de charge spectrale de 1 à 5, déterminant les multiplicateurs de cascade lorsqu'ils sont associés en chaînes de 4 ou plus. Le jeu suit 12 types distincts de fruits fantômes à travers son système de progression, chacun se débloquant à des seuils de niveau spécifiques.
Le moteur principal fonctionne sur une grille 7x9 avec une physique défiant la gravité permettant des associations verticales et horizontales simultanées. Les power-ups se génèrent via des chaînes de combos : une association de 5 crée une Explosion Spectrale éliminant un rayon de 3x3, une association de 7 génère un Vortex Fantôme supprimant tous les fruits d'un type, et les associations en forme de L déclenchent une Vague Fantôme en cascade le long des lignes diagonales. Chaque mouvement calcule les réactions en chaîne potentielles en utilisant des algorithmes prédictifs affichant jusqu'à 3 coups à l'avance.
Les objectifs de niveau alternent entre des seuils de score, des quotas de collecte de fruits, des défis de suppression d'obstacles et des modes de survie chronométrés. La courbe de difficulté s'ajuste dynamiquement en fonction des performances du joueur sur les 10 derniers niveaux, maintenant l'engagement sans frustration. Les joueurs avancés accèdent au Mode Cauchemar au niveau 150, introduisant des fruits d'ombre qui inversent les mécaniques d'association et nécessitent une planification stratégique du vide.