Phantom Fruits basiert auf einem einzigartigen ätherischen Matching-System, bei dem Geisterfrüchte durch die Standard-Raster-Mechanik phasen. Jede Frucht trägt einen spektralen Ladungswert von 1 bis 5, der die Kaskaden-Multiplikatoren bestimmt, wenn sie in Ketten von 4 oder mehr kombiniert werden. Das Spiel verfolgt 12 verschiedene Phantomfrucht-Typen über sein Fortschrittssystem, die jeweils bei bestimmten Level-Schwellen freigeschaltet werden.
Die Kern-Engine läuft auf einem 7x9-Raster mit schwerkraftwidrigen Physiken, die vertikale und horizontale Matches gleichzeitig ermöglichen. Power-ups werden durch Combo-Ketten erzeugt: 5er-Match erzeugt Spektral-Explosion, die einen 3x3-Radius löscht, 7er-Match spawnt Geister-Vortex, der alle Früchte eines Typs entfernt, und L-förmige Matches lösen Phantom-Welle aus, die über diagonale Linien kaskadiert. Jeder Zug berechnet potenzielle Kettenreaktionen mit prädiktiven Algorithmen, die bis zu 3 Züge im Voraus anzeigen.
Level-Ziele wechseln zwischen Punkteschwellen, Fruchtsammel-Quoten, Hindernisbeseitigungs-Herausforderungen und zeitbasierten Überlebensmodi. Die Schwierigkeitskurve passt sich dynamisch basierend auf der Spielerleistung der letzten 10 Level an und hält das Engagement ohne Frustration aufrecht. Fortgeschrittene Spieler erhalten ab Level 150 Zugang zum Albtraum-Modus, der Schattenfrüchte einführt, die die Match-Mechanik umkehren und strategische Leerraumplanung erfordern.