Phantom Fruits opererer med et unikt eterisk matchsystem, hvor spøgelsesfrugter falder gennem standard gittermekanik. Hver frugt bærer en spektral ladningsværdi fra 1 til 5, der bestemmer kaskadefaktorer, når de matches i kæder på 4 eller flere. Spillet sporer 12 forskellige fantomfrugttyper på tværs af dets progressionssystem, der hver især låses op ved specifikke niveautærskler.
Kernemotoren kører på et 7x9 gitter med tyngdekraftstrodsende fysik, der tillader lodrette og vandrette match samtidigt. Power-ups genereres gennem kombokæder: 5-match skaber Spektral Eksplosion, der rydder 3x3 radius, 7-match frembringer Spøgelsesvirvel, der fjerner alle frugter af én type, og L-formede match udløser Fantombølge, der kaskaderer på tværs af diagonale linjer. Hvert træk beregner potentielle kædereaktioner ved hjælp af forudsigelige algoritmer, der viser op til 3 træk frem.
Niveaumål roterer mellem scoretærskler, frugtindsamlingskvoter, forhindringsfjerningsudfordringer og tidsbestemte overlevelsestilstande. Sværhedsgraden justeres dynamisk baseret på spillerpræstation over de sidste 10 niveauer, hvilket opretholder engagement uden frustration. Avancerede spillere får adgang til Mareridt-tilstand på niveau 150, der introducerer skyggefrugter, som vender matchmekanikken om og kræver strategisk tomrumsplanlægning.